O IE construiu nas margens e no estofamento que não são até os padrões W3. Você pode criar um stylesheet separado que somente o IE possa ver para todos os divs/caixas que não forem alinhados corretamente no IE. Há um grande artigo aqui:
http://www.456bereastreet.com/archive/200612/internet_explorer_and_the_css_box_model/