IE строил в допустимых пределах и прокладке не до стандартов W3. Вы можете создать отдельно stylesheet только IE может увидеть для любых divs/коробок не выровняны правильн в IE. Будет большая статья здесь:
http://www.456bereastreet.com/archive/200612/internet_explorer_and_the_css_box_model/