Eu penso que você não tem nenhuma escolha. Contanto que os dados md3000 estiverem sendo alcançados por vms ou por outros dispositivos da rede, haverá um IO.
Eu recomendaria que você programa o tempo ocioso da máquina para trazer sua rede fora de linha durante sua atualização do SAN.
Não esquecer que seu bom apoio encerra a atualização dos firmware vai barriga acima:)