Eu usaria a multi caraterística nova do inquilino de SharePoint 2010 para segregar seus clientes. Isto permitirá que tenham suas próprias áreas do admin e fá-los-á assim que não podem considerar eachothers dados ou usuários mas os locais podem funcionar sob a mesma aplicação web.
Resolver então sua introdução de ver todas suas tarefas em uma única lista lá é algumas coisas que você pode fazer como rollups, trabalhos, CQWP, ou mesmo powershell.